Dans la perspective de ces accords dits paritaires, les Eyadémaïstes suscitent revendications intempestives, tandis que la branche armée du RPT soumet les leaders de l’opposition à rude épreuve physique et psychologique.
Fin mai , au cours d’un conflit d’origine foncière opposant Kabyès aux Kotokolis à Soutouboua, les militaires basés à Kara, avec armes et munitions, ont prêté main forte aux Kabyès de Soutouboua. Après avoir envoyé une expédition punitive contre les Kotokolis, et avant que le gouvernement de Koffigoh ait eu le temps de réagir, le Général fait disparaître toutes traces compromettantes et règle le conflit à sa façon. Ce qui irritera le ministre (Opposition) de la Transition, Me Jean Yaovi Dégli. Lorsque le 3 juin au conseil des ministres, le sujet du mini-conflit ethnique de Soutouboua est abordé, Me Dégli, excédé par les injustices et les coups bas entraînant le blocage des institutions, lâche : «Le Chef de l’Etat est de mauvaise foi ! »
Sacrilège ! Pour le ministre délégué aux Forces armées, M. Assouma du RPT, c’est un crime de lèse-majesté que de tenir de tels propos à l’endroit du «Guide bien-aimé, l’Eclaireur de pointe, le Miraculé de Sarakawa, le Général d’Armée Gnassingbé Eyadéma ». Par solidarité, le ministre de l'Environnement, d’obédience RPT, Kpandja-Faré, démissionne aussi. La guerre va être déclarée à Petit-Jean. Le Président Eyadéma le convoque. Il n’ira point. Le capitaine Biténéwé donne à ses hommes l’ordre de ramener mort ou vif le Porte-parole du gouvernement. Le sous-secrétaire d’Etat américain aux affaires africaines, M. Hermann Cohen ; le Prix Nobel de la Paix, Mgr Desmond Tutu et d’autres tentent d’intercéder en faveur de Jean Dégli. Rien n’y fait. Les soldats de la Garde présidentielle le rateront dans les parages de l’église d’Amoutivé.
Par manque de chance, en tant que porte-parole de l’équipe gouvernementale, Jean Yaovi Dégli donne lecture le 16 juillet 1992 du rapport de la FIDH, accablant (pour les militaires) sur l’attentat de Soudou. Le «cas Dégli» s’aggrave.
Le 19 juillet 1992, le quotidien gouvernemental publie une lettre : «Je voudrais en cette circonstance demander très humblement à tous ceux que j’ai pu offenser de quelque manière que ce soit dans l’exercice de mes fonctions de ministre et de trouver ici, l’expression de toutes mes excuses et de considérer les faits incriminés comme dus à l’erreur humaine et non à une volonté délibérée de nuire à qui que ce soit... » [Togo-Presse, n° 3735, 20 juillet 1992, p. 1 & 3.]  Jean Dégli démissionne. Dès lors il deviendra Président de la LTDH.
Le 15 juin, un communiqué émanant de la Primature annonce l’enlèvement de M. M’Ba Kabasséma, président du Parti Démocratique Togolais et membre du Bureau exécutif de la Ligue Togolaise des Droits de l’Homme. Motif, il est du Nord et tout de même démocrate. Ce qui pour un militaire de base est incompatible et inacceptable. Le ravisseur confirme : «Grâce à Eyadéma, vous êtes devenu riche ; aujourd’hui vous rentrez dans l’opposition avec les gens du Sud. » [Courrier du Golfe, n° 161, 22 juin 1992, p. 6.]  Kabasséma sera relâché, mais dans un très mauvais état.
Le 17 août, des hommes armés, à bord d’une Mercedes, tentent de faire passer de vie à trépas M. Yao Améfia, ministre de l’Equipement et des mines.
Fort de cette ambiance de terreur noire, la mouvance présidentielle avec Eyadéma en tête, va contester énergiquement, pêle-mêle, le recensement électoral (20-23 avril 1992) ; le découpage électoral (la logique-Eyadéma voudrait qu’on prenne en compte la superficie découpée et non la densité de la population) ; le calendrier électoral décidé par le gouvernement ; le système de bulletin unique du code électoral adopté par le HCR ; l’art. 61 interdisant aux membres de l’Exécutif de la période transitoire de participer aux prochaines présidentielles.
Pour toutes ces raisons, dans la nuit du 8 au 9 août 1992, une trentaine d’hommes armés met à sac et incendie les locaux du Centre d’Etudes et de Traitement Informatique du Togo (CENETI) où sont centralisés les résultats du recensement électoral. La veille Koffigoh avait signé et publié le décret autorisant l’ouverture de la campagne pour le Référendum. L'adoption éventuelle du Référendum du projet constitutionnel prorogerait (article 152) la Transition de plein droit, mettant ainsi un terme au désir du Général de siffler la fin de ce qu’il appelle «la récréation».
L’imbroglio politique est total. Pour l’opposition, il faut coûte que coûte trouver une solution. Les diverses tentatives internationales de négociations sont rejetées en bloc par Eyadéma. La dernière tentative de médiation en date, celle du Ghana dans le cadre de la CEDEAO, a été mal accueillie par le Général. Gnassingbé Eyadéma veut trouver «une solution togolaise au problème togolais».

Des négociations entre Togolais débutent donc le 28 juillet 1992. Elles ont pour nom : La Commission mixte paritaire. Eyadéma promet la sécurité. Les huit partis de l’Opposition proposent au Général la possibilité de se présenter aux élections, sans avoir à démissionner de l’armée, en plus du recouvrement d’une bonne partie de ses prérogatives d’avant la CNS.

Le Premier ministre Koffigoh ne faisait pas partie des négociations. En tout état de cause, officiellement, il est censé être un homme sans parti, comme le voulait l’esprit de la CNS. Mais on lui reprochait déjà la création (par l’intermédiaire de ses amis) de quelque faction, tel l’association FONDER, considérée par ses adversaires comme un embryon de parti politique.
Néanmoins le Premier ministre espérait encore qu’on évoquerait son cas aux négociations, en ce qui concerne l’article 61, afin qu’il se présentât aux présidentielles. Ce que d’ailleurs ne souhaitait pas l’immense majorité de la population qui n’osait pas encore prononcer à l’encontre de Koffigoh, le qualificatif de «traître». Après une courte embellie à l’issue de l’attaque de la Primature, la côte du Premier ministre que la CNS a donné aux Togolais chuta bien vite. Le Collectif des Associations féminines (CAF) fera observer au Premier ministre sa mollesse dès le début des attentats contre les chefs de l’opposition.
 

Un camion acheminant du matériel électoral est attaqué dans le Nord par des militaires. Un des véhicules est intercepté à Kara (380 km au nord de Lomé). Le semi-remorque contenant le matériel de vote est vidé de son contenu. Les urnes et les isoloirs sont détruits, les bulletins de vote sont saccagés. Les policiers sensés accompagner le convoi n’ont pu rien faire. Le 19 août, le gouvernement est obligé de reporter le Référendum constitutionnel. Le Président de la République et le Premier ministre publieront un communiqué condamnant ces actes. Ils décident de confier dorénavant ce genre de transport aux ... Forces armées. M. Léopold Gnininvi conteste cette éventualité. Pour le leader de la CDPA , «Le problème de fond, demeure. » Il constate à haute voix, que ceux qui ont intercepté les colis électoraux la dernière fois étaient assurés d’impunité et qu’il conviendrait de les dissuader de recommencer.
Ces faits coïncident à peu de chose près avec la mise en place de la Commission mixte paritaire, Mouvance présidentielle/Opposition.
Dans le cadre de la recherche de solutions au problème de l’insécurité, la Commission paritaire Présidence/Opposition, met sur pied un groupe de réflexion. L’opposition souhaite et propose le prélèvement d’un contingent de 3000 hommes sur l’armée nationale. A cette «Force spéciale de la Paix » serait confiée la mission de ramener la sécurité sur le plan des activités politiques : superviser les élections et aider à l’installation des nouvelles institutions. La Mouvance présidentielle est d’abord réticente à cette initiative. Un accord politique sera finalement conclu entre les représentants des «Huit» et la Mouvance présidentielle sous le regard des chancelleries occidentales. L’accord est présenté au Premier ministre Koffigoh et nécessite l’approbation formelle du HCR avant l’expiration de la période de transition.
La fin de la période de transition suscite une vive polémique. L’opposition se réfère à l’article 66 de l’Acte 7 qui stipule : «La mission des organes de la Transition prend fin à la date de la mise en place des nouvelles institutions de la République. »
Le raisonnement de la Mouvance RPT est plutôt empirique. Pour le camp d’Eyadéma, la Transition doit durer un an (ce qui n’est notifié dans aucun texte). La Mouvance-RPT-Eyadéma constate que : la transition a débuté un 28 août, donc elle doit s’achever le 28 août 1992, quel que soit l’état de l’Etat ou celui des avancées de l’installation des institutions nouvelles.
En tout état de cause, le Général regrette la tenue de la CNS. Il est contre la transition. A cet égard, on comprend mieux les différentes entraves dressées par les hommes de Gnassingbé Eyadéma sur le chemin de la transition.
La perspective d’interruption en queue de poisson de l’expérience démocratique au Togo, constitue la principale crainte de l’opposition. La délégation présidentielle, les huit partis de l’opposition et une délégation des FAT tomberont d’accord sur le renforcement de la sécurité pendant la période transitoire. «Il s’agit d’impliquer davantage le Général et son armée dans les problèmes sécuritaires», affirment les leaders de l’opposition. «Les Huit» vont en outre obtenir la prolongation de la période transitoire jusqu’au 31 décembre 1993. Le HCR entérinera la décision.
Eyadéma pourra aussi désormais représenter l’Etat togolais à l’étranger. Pour le président du CAR, Me Agboyibo, ceci ne constitue pas un fait nouveau : «C’est la CNS elle-même qui a attribué au chef de l’Etat, la prérogative de représenter le pays à l’étranger. » [Ibanou Express, n° 16, 22 septembre 1992, p. 3.]
C’est le retour en force du général Eyadéma au premier plan de la scène politique nationale et internationale.