Aussitôt les Accords mixtes paritaires signés, le Collectif des Associations de Femmes (CAF), le Mouvement du 5 Octobre (MO5), condamnent : « Ces négociateurs auraient-ils préparé le retour triomphal et légal d’un régime condamné ? » Quant à Gilchrist Olympio, il redoute une limitation des pouvoirs du Haut Conseil de la République.
En effet le pouvoir d’Eyadéma a accru, nécessairement au dépens des autres organes de la Transition. Le chef de l’Etat pourra, selon l’importance de l’ordre du jour, présider le conseil des ministres. M. Edem Kodjo (UTD) explique : « Les attributions du Premier ministre n’ont pas été substantiellement réduites. Le Premier ministre continue de présider le conseil des ministres [...] Je crois qu’il vaut mieux que le chef de l’Etat ait son mot à dire et puisse garantir la sécurité actuellement, puisque la sécurité est la préoccupation n° 1 de tous les Togolais » [Sources : archives audio.]

Hélas, au cours même des négociations et aux lendemains, c’est le désenchantement : l’insécurité va bon train.
Le 29 août, un commando plastique la maison de M. Houyengah , ci-devant directeur de cabinet du Premier ministre Koffigoh ; bilan, un mort.
Le 4 septembre 1992, la représentante du CAF, Madeleine Aduayom est insultée et violemment frappée par un militaire. Elle sortait d’une émission de télévision au cours de laquelle elle avait critiqué le rôle néfaste et le blocage exercé par les militaires dans la transition. Sûr de son impunité, le sergent-chef ponctuait ses coups de : «Je peux te tuer, je peux te tuer hein ! Et personne ne me dira rien du tout ! »

Désormais le HCR perd de son importance. Il a bénéficié de pouvoir qu’il n’a pas su utiliser. A commencer, par exemple, par le plus indispensable pour la garantie des institutions : l’article 67 des Dispositions finales de l’Acte7. Cet article stipule : «Toute tentative de renversement du régime constitutionnel mis en place par le présent Acte, par les personnels des Forces armées ou de sécurité publique, sera considérée comme un crime contre la Nation et sanctionnée conformément aux lois de la République. »
Les 1er et 8 octobre 1991, même dans le maquis, l’article 68 aurait pu servir : «En cas de coup d’Etat, d’agression par des mercenaires ou de coup de force quelconque, tout membre d’un organe constitutionnel a le droit et le devoir de faire appel à tous les moyens pour rétablir la légitimité constitutionnelle y compris le recours aux accords de coopération militaire ou de défense existants».
 

Le Togo va entrer dans une sorte de «Transition-bis». Les concessions accordées au Général sont condamnées par la majeure partie de la population, qui lasse de l’intransigeance du camp présidentiel, se demande s’il ne faudrait pas mener la lutte démocratique d’une autre façon. Mais pour les leaders d'opposition coupés de la base, l’heure est au partage du «gâteau national», à défaut d’en profiter unilatéralement. Les propos d’Edem Kodjo sont révélateurs : «De toutes les façons ce qu’il faut savoir, c’est qu’il vaut mieux partager le pouvoir aujourd’hui que de risquer le 29, de le voir récupérer par une seule tendance». [Sources : archives audio.]

Eyadéma a réussi à coups de pressions et de boutoirs militaires à réduire à néant les principales décisions de la CNS. Il peut signer certains décrets et procéder à des nominations. Il pourra se présenter à l’élection présidentielle sans avoir à démissionner de l’armée. Les partisans d’Eyadéma exultent. « C'est la première fois qu’on arrive à une unanimité autour des textes politiques. Et nous considérons cela comme une victoire commune pour toute la classe politique et une victoire de la démocratie. », se réjouit le conseiller du Président, M. Barqué. Par contre, «les Huit» de l’opposition, malgré l’œil vigilant des ambassadeurs de la Communauté économique européenne et des Etats-Unis, ont été débarqués des centres de décisions politiques.

Le Premier ministre Koffigoh, confus et meurtri d’avoir été écarté définitivement des présidentielles au cours de ces négociations, va en rajouter à la zizanie. Son troisième gouvernement fort de 19 membres comprendra une majorité écrasante de ministres de la Mouvance présidentielle (10 au total dont 6 portefeuilles-clé).
Tollé dans l’opposition aussitôt connues les exigences d’Eyadéma en matière de portefeuilles ministérielles. Les chefs d’opposition crient, comme la Mouvance présidentielle en 1991 (Accords du 12 juin), à la mauvaise interprétation des Accords. L’UFC, la CDPA, le PDR, et d’autres partis de moindre stature, signeront ensemble une déclaration qui s’adresse au Premier ministre. «Au Premier ministre et au Chef de l’Etat, concernant l’interprétation abusive par la partie présidentielle, des accords du 24 août 1992, signés par l’Opposition les baïonnettes dans le dos ; ce qui transforme la gestion consensuelle des affaires de l’Etat décidée par la Commission Mixte Paritaire en une gestion unilatérale, partisane et arbitraire... ».
Auparavant, pendant que Koffigoh, depuis la signature des Accords paritaires (24 août 1992), était encore dans les tractations, les militaires auront le loisir de se manifester. Le dimanche 13 septembre 1992, ils occuperont au petit matin les studios de la Radio nationale. Dans un communiqué, ils exigent que le nouveau gouvernement soit formé avant lundi.

Noyé dans une masse RPT, le Premier ministre Joseph Kokou Koffigoh tombe à jamais sous la coupe d’Eyadéma.
Officiellement, le nouveau gouvernement a «pour mission principale et essentielle : la gestion consensuelle de la sécurité et des consultations électorales. » [Togo-Presse, n° 3782, 15 septembre 1992, p. 1.]  En fait de «gestion consensuelle» des élections, Koffigoh attribue le Secrétariat d’Etat chargé des consultations électorales à M. Combévi Agbodjan, qui se faisait passer pour UFC. Combévi Agbodjan devait seconder deux ministres RPT dans la préparation des élections : Agbéyomé Kodjo (celui-là même qui à la CNS avait déclaré ne travailler que dans l’intérêt du Président Eyadéma) et Yandja Yentchabré. Mais aussitôt nommé, «l’opposant Agbodjan» va rejoindre la mouvance présidentielle avec armes et bagages.
Un autre ministre au départ opposant, fera bientôt partie de la mouvance présidentielle. Il s’agit de Komlan Messan Benjamin Agbéka.
Dans la déclaration du 13 septembre, les partis (opposition) signataires réaffirment leur volonté résolue de ne pas participer au gouvernement dans les conditions exigées par Eyadéma. Ces partis font savoir à leurs membres, que ceux qui participeront à ce gouvernement, le feront à titre individuel.
De Stockholm où il assistait aux travaux de l’Union interparlementaire, Me Agboyibo aurait demandé aux «Hauts Conseillers représentant la sensibilité du CAR, de voter contre la composition du gouvernement [...] A mon retour j’ai appris que le gouvernement a été approuvé par 36 voix contre 24. Je considère qu’il s’agit d’un vote déplorable.» [Ibanou Express, n° 16, 22 septembre 1992, p. 3.]
De ces déclarations, ni Eyadéma ni Koffigoh n’en ont cure. Le problème de la sécurité ayant été en théorie réglé par la Commission mixte paritaire, le Premier ministre a désormais les coudées franches pour organiser les élections. Les dates des scrutins sont fixées. On parle du 27 septembre pour le Référendum constitutionnel. Quant aux autres scrutins ils sont fixés comme suit : locales le 11 octobre ; législatives : les 31 et 14 novembre ; les présidentielles : les 6 et 20 décembre.

Hormis celle du Référendum, adopté à 99, 09% par 75% des inscrits, aucune date de scrutin ne sera respectée. Le RPT et son Président-fondateur, le général Eyadéma vont tenter d’inverser l’ordre des légilatives et des présidentielles.
En ce qui concerne le Premier ministre Koffigoh, à ce stade de démocratisation houleuse, il a perdu toutes les chances de se présenter aux présidentielles. N’ayant plus rien à gagner avec l’opposition, il «roulera » désormais pour le Général. Les critiques contre Koffigoh iront crescendo. L’homme de la rue fera indirectement savoir au HCR la nécessité de changer de Premier ministre. Les membres du Haut Conseil n’ont eu le courage ni les moyens. Ils regrettent. Amer, l’un d’entre eux affirmera : «Jo, un homme qui n’a jamais rien compris aux problèmes de son pays, un nul, un homme fini». [Jeune-Afrique, n° 1658, 15-21 octobre 1992, p. 22.]  Koffigoh lui-même, se sent exclu. Répondant à Africa International qui lui spécifiait qu’il avait juré au sortir de la Conférence nationale de ne pas se présenter aux présidentielles, Joseph Kokou Koffigoh avait répondu : «Mais je n’ai jamais juré pareille chose ! Il suffit de lire le texte du serment. Il est vrai cependant que la Constitution contenait un article 61 excluant et le chef de l’Etat et le Premier ministre de l’éligibilité. Cette démocratie d’exclusion a créé beaucoup, beaucoup de problèmes, et a donné prétexte à la déstabilisation. » [Africa International, n° 252, août 1992, p. 17.]
Au sortir des Accords paritaires, le «Gouvernement d’Union nationale» (GUNT-2e formule) formé par Koffigoh, donnera prétexte à sa propre marginalisation définitive. Il sera de ce fait indésirable dans sa propre région natale. Le journaliste Lucien Hounkanli, un ex de Courrier du Golfe , a décrit l’un des voyages officiels de Koffigoh en terre natale.
« [...] Des ordres avaient été donnés aux préfets et aux sous-préfets de la région ; enfin, un nombre incalculable de gens soudoyés à coups de billets neufs de banque, pour réserver bon accueil à l’enfant prodigue» [Source : articles non publiés.].  Mais malgré le travail des autorités de la région, le stade de Kpalimé où le Premier ministre espérait haranguer la foule, était à moitié vide.
A ce stade précis de la transition, les relations entre Me Koffigoh et ses anciens amis de l’opposition sont carrément exécrables. Le climat est malsain. Le Premier ministre explique son choix de gouvernement : «Je les ai consultés, individuellement. Mais aucun d’eux ne dit la même chose. Ensuite, j’ai soumis la liste du gouvernement au HCR. Après six heures de discussions et un scrutin à bulletin secret, il s’est dégagé une majorité de 60% en faveur de ce gouvernement. Où est ma faute dans tout cela ? Qu’ils patientent donc ! Une fois aux affaires, ils pourront faire ce qu’ils voudront. En attendant, je n’ai pas de leçon à recevoir d’eux. » [Jeune Afrique, n° 1658, 15-21 octobre 1992, p. 24.]
Cette déclaration faite, Joseph Kokou Koffigoh se ralliera à Eyadéma Gnassingbé. Ensemble, avec le concours des FAT, ils vont entreprendre de donner une leçon aux représentants du peuple.